Od 2006 roku kieruje zespołem Złożonych Systemów. Od 2001 roku pracuje również w instytucie badawczym Naukowa i Akademicka Sieć Komputerowa (NASK), gdzie w latach 2006-2009 kierowała Zespołem Metod Inżynierii Ruchu i Badań Symulacyjnych Sieci. W latach 2002-2009 była członkiem Rady Naukowej NASK, 2008-2009 jej wiceprzewodniczącą. Od 2009 pełni funkcję Zastępcy Dyrektora NASK – Dyrektora ds. Naukowych NASK i kierownika Pionu Badań i Rozwoju. W latach 2000-2001 była również zatrudniona na kontrakcie w Knowledge Support Systems Group plc., Manchester, Anglia. Stopień naukowy doktora w dyscyplinie automatyka i robotyka uzyskała z wyróżnieniem w roku 1995, a doktora habilitowanego w 2005 r., oba na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej.
Od 2010 roku jest ekspertem Polskiej Komisji Akredytacyjnej, od 2012 roku członkiem Komitetu Automatyki i Robotyki Polskiej Akademii Nauk, od 2017 roku członkiem Komitetu Technicznego Specjalistycznego ds. oceny i certyfikacji bezpieczeństwa produktów informatycznych. Była wykonawcą w około czterdziestu projektach naukowo-badawczych i badawczo-rozwojowych, w tym krajowych, finansowanych przez KBN, MNiSW, NC, NCBiR oraz międzynarodowych, finansowanych przez Unię Europejską (program TEMPUS, 5 PR UE, 7 PR UE i Horyzont 2020). W szesnastu projektach pełniła funkcję kierownika. Wykonywała również prace realizowane w ramach współpracy jednostek naukowych z przemysłem. Obecnie jest członkiem zarządu projektu COST UE (2015-2019) i kierownikiem międzynarodowej grupy badawczej.
Prof. E. Niewiadomska-Szynkiewicz jest współautorką 2 monografii naukowych i 2 podręczników oraz ponad 160 publikacji w czasopismach, książkach i materiałach konferencyjnych, a także około 100 opracowań naukowo-badawczych. Jest członkiem komitetów redakcyjnych czasopism oraz komitetów programowych i organizacyjnych krajowych i międzynarodowych konferencji, organizatorką seminariów naukowych. Za osiągnięcia naukowe, dydaktyczne i organizacyjne była wielokrotnie nagradzana. Otrzymała 3 nagrody Ministra, 6 nagród Rektora Politechnik Warszawskiej oraz srebrny krzyż zasługi.
Była promotorką 3 zakończonych rozpraw doktorskich, a obecnie jest promotorką 2 otwartych przewodów doktorskich, wypromowała ponad 80 inżynierów i magistrów. Wykonała wiele recenzji, w tym 11 rozpraw doktorskich, 2 monografii, kilkudziesięciu artykułów naukowych oraz kilkanastu wniosków o projekty badawcze.
Zainteresowania zawodowe Ewy Niewiadomskiej-Szynkiewicz dotyczą zagadnień modelowania, symulacji, optymalizacji i sterowania złożonymi systemami, w tym systemami sieci teleinformatycznych, środowisk oprogramowania do analizy i wspomagania procesów decyzyjnych w złożonych systemach oraz obliczeń równoległych i rozproszonych. W ostatnich latach prowadzone przez nią prace badawcze koncentrują się na zagadnieniach bezprzewodowych sieci ad hoc oraz bezpieczeństwie systemów teleinformatycznych.
